Application Definition 作成の基本

Mai Hashimoto_22039 · November 2022

Application Definition作成の基本を、ご紹介いたします。

例として、Optistruct のApplication Definitionを作成し、Access WebからOptistructのジョブ投入ができるように設定します。

Optistructの実行コマンドラインは、/app/hw2021.2/altair/scripts/optistruct <Input File> -ncpu <No. of CPUS> -len <Memory>になるように構成します。

画面上で独自のオプション付加を許可し、ユーザーが必要に応じてオプションを付加することができます。標準出力と標準エラーもファイルに保存するようにします。

ジョブ投入の画面イメージは、以下のようになります。Show All をクリックすると、メモリ等の選択項目も表示されれるようにします。

必要なファイルは、以下の４つのファイルです。構築したい画面構成によっては利用するファイルが異なります。

セントラルレポジトリ
- site-config.xml ($PAS_REPO/targets/localhost/repository/site-config.xml)
Optistruct用ファイル
- app-inp-<ApplicationId>.xml (＄PAS_REPO/targets/localhost/repository/applications/<ApplicationId>/app-inp-<ApplicationId>.xml)
- app-conv-<ApplicationId>.xml (＄PAS_REPO/targets/localhost/repository/applications/<ApplicationId>/app-conv-<ApplicationId>.xml)
- start.py (＄PAS_REPO/targets/localhost/repository/applications/<ApplicationId>/runtime/start.py

以下に４つのファイルについて、簡単にご説明します。

セントラルレポジトリ　site-config.xml
site-config.xmlはセントラルレポジトリなので他アプリケーション（Optistruct以外のアプリケーション）の設定項目も含まれます。アプリケーションの実行パスを、バージョンごとに定義します。以下のように記述します。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>

　　** 他アプリケーションも同様に、ここに書くことができます。**

<Executable>/app/hw2021.2/altair/scripts/optistruct</Executable>

</ApplicationVersion>

</ApplicationVersions>

</Application>

　　** 他アプリケーションも同様に、ここに書くことができます。**

</Applications>

</SiteConfiguration>

Optistruct用ファイル　app-inp-Optistruct.xml
このファイルでは、ジョブ投入画面の入力項目を定義します。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<ApplicationId>Optistruct</ApplicationId>

<ApplicationName>Optistruct</ApplicationName>

<Name>VERSION</Name>

<Description>Version of application to use</Description>

<DisplayName>Version</DisplayName>

<InputRequired>true</InputRequired>　** 必須項目にしたい場合、InputRequiredをtrueにします。**

<xi:include href="site-config.xml" xpointer="xpath1(//Application[@id='Optistruct']/ApplicationVersions//Option)"/>

</ArgumentStringEnumerated>

</ArgumentChoice>

<InputRequired>false</InputRequired>

</ArgumentString>

</ArgumentChoice>

<Name>NCPUS</Name>

<Description>Number of CPUS requested</Description>

<DefaultValue>1</DefaultValue>　** デフォルト値を定義しておくこともできます。**

</ArgumentInt>

</ArgumentChoice>

<Name>MEMORY</Name>

<Description>Requested memory</Description>

<DisplayName>Memory</DisplayName>

<InputRequired>false</InputRequired>

</ArgumentInt>

</ArgumentChoice>

<Name>MASTER_FILE</Name>

<Description>Input file</Description>

<DisplayName>Input File</DisplayName>

</ArgumentFileName>

</ArgumentChoice>

<Name>INCLUDE_FILES</Name>

<Description>Additional files to include.</Description>

<DisplayName>Include Files</DisplayName>

<InputRequired>false</InputRequired>

</ArgumentFileNameMulti>

</ArgumentChoice>

<Name>EXTRA_ARGUMENTS</Name>　　** Optistructコマンドへのオプションの付加 **

<Description>Pass command line arguments.</Description>

<DisplayName>Extra Arguments</DisplayName>

<InputRequired>false</InputRequired>

</ArgumentString>

</ArgumentChoice>

<Name>SUBMISSION_DIRECTORY</Name>

<Description>Result files will be placed here</Description>

<DisplayName>Output directory</DisplayName>

</ArgumentDirectoryName>

</ArgumentChoice>

</TemplateApplicationInput>

Optistruct用ファイル　app-conv-Optistruct.xml
ジョブ投入画面で入力した値をもとに、実行モジュールとそのオプションの定義、PBSジョブ実行のために必要なリソースを構成します。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<ApplicationId>Optistruct</ApplicationId>

<ApplicationName>Optistruct</ApplicationName>

<jsdl-hpcp:Executable>$PYTHONPATH</jsdl-hpcp:Executable>

<jsdl-hpcp:Argument>runtime/start.py</jsdl-hpcp:Argument>

</HPCProfileApplication>

<jsdl:Resources> ** PBSジョブとしてのリソース要求**

<Exact>$NCPUS</Exact>

</TotalCPUCount>

<Exact>$MEMORY</Exact>

</TotalPhysicalMemory>

</jsdl:Resources>

<jsdl:DataStaging>

<jsdl:FileName>name($MASTER_FILE)</jsdl:FileName>

<jsdl:CreationFlag>overwrite</jsdl:CreationFlag>

<jsdl:Source>

<jsdl:URI>$MASTER_FILE</jsdl:URI>

</jsdl:Source>

</jsdl:DataStaging>

<jsdl:DataStaging>

<jsdl:FileName>name($INCLUDE_FILES)</jsdl:FileName>

<jsdl:CreationFlag>overwrite</jsdl:CreationFlag>

<jsdl:Source>

<jsdl:URI>$INCLUDE_FILES</jsdl:URI>

</jsdl:Source>

</jsdl:DataStaging>

<jsdl:DataStaging>

<jsdl:FileName>*</jsdl:FileName>

<jsdl:CreationFlag>overwrite</jsdl:CreationFlag>

<jsdl:Target>

<jsdl:URI>$SUBMISSION_DIRECTORY</jsdl:URI>

</jsdl:Target>

</jsdl:DataStaging>

</TemplateApplicationConverter>

Optistruct用ファイル start.py
ジョブ投入時に実行されるファイルです。

import os

import sys

import re

os.environ['ALTAIR_LICENSE_PATH']="6200@licserver"

master_file = os.path.basename(os.environ['PAS_MASTER_FILE'])

python_path = os.environ['PAS_PYTHON_PATH']

optistruct_exe = os.environ['PAS_EXECUTABLE']

if 'PAS_EXTRA_ARGUMENTS' in os.environ:

optistruct_exe += os.environ['PAS_EXTRA_ARGUMENTS']

required_mem = os.environ['PAS_MEMORY']

required_core = os.environ['PAS_NCPUS']

pas_job_name = os.environ["PAS_JOB_NAME"]

pas_application = os.environ["PAS_APPLICATION"]

pbs_job_dir = os.environ["PBS_JOBDIR"]

logfile_basename = pas_application + "-" + pas_job_name　** 標準出力と標準エラーを出力するファイル名の定義 **

stdout_logfile = logfile_basename + "-stdout.log"

stderr_logfile = logfile_basename + "-stderr.log"

cmd = optistruct_exe + ' ' + master_file + ' -ncpu ' + required_core + ' -len ' + required_mem

cmd += ' > ' + stdout_logfile + ' 2> ' + stderr_logfile

#run application

print (cmd)

os.system (cmd)

以上、４つのファイルのご説明です。

詳細については、各バージョンのDiving Into Application Definition Guide をご参照ください。

Application Definition 作成の基本

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