Application Definition 作成の基本

Mai Hashimoto

Application Definition作成の基本を、ご紹介いたします。

 

例として、Optistruct のApplication Definitionを作成し、Access WebからOptistructのジョブ投入ができるように設定します。

Optistructの実行コマンドラインは、/app/hw2021.2/altair/scripts/optistruct <Input File> -ncpu <No. of CPUS> -len <Memory>になるように構成します。

画面上で独自のオプション付加を許可し、ユーザーが必要に応じてオプションを付加することができます。標準出力と標準エラーもファイルに保存するようにします。

ジョブ投入の画面イメージは、以下のようになります。Show All をクリックすると、メモリ等の選択項目も表示されれるようにします。

 

必要なファイルは、以下の４つのファイルです。構築したい画面構成によっては利用するファイルが異なります。

 

• セントラルレポジトリ
  • site-config.xml ($PAS_REPO/targets/localhost/repository/site-config.xml)
• Optistruct用ファイル
  • app-inp-<ApplicationId>.xml (＄PAS_REPO/targets/localhost/repository/applications/<ApplicationId>/app-inp-<ApplicationId>.xml)
  • app-conv-<ApplicationId>.xml (＄PAS_REPO/targets/localhost/repository/applications/<ApplicationId>/app-conv-<ApplicationId>.xml)
  • start.py (＄PAS_REPO/targets/localhost/repository/applications/<ApplicationId>/runtime/start.py

以下に４つのファイルについて、簡単にご説明します。

• セントラルレポジトリ　site-config.xml
  site-config.xmlはセントラルレポジトリなので他アプリケーション（Optistruct以外のアプリケーション）の設定項目も含まれます。アプリケーションの実行パスを、バージョンごとに定義します。以下のように記述します。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?> <SiteConfiguration xmlns=http://schemas.altair.com/pbs/2007/01/site-config xmlns:site-config=http://schemas.altair.com/pbs/2007/01/site-config xmlns:xsi=http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance xsi:schemaLocation=http://schemas.altair.com/pbs/2007/01/site-config ../schemas/site-config.xsd>   <Applications> 　　** 他アプリケーションも同様に、ここに書くことができます。**      <Application id="Optistruct">       <ApplicationVersions>         <ApplicationVersion>           <Option>2021.2</Option>           <Executable>/app/hw2021.2/altair/scripts/optistruct</Executable>         </ApplicationVersion>       </ApplicationVersions>     </Application> 　　** 他アプリケーションも同様に、ここに書くことができます。**   </Applications>   <JobProjects id="BILLING_ACCOUNT"/>   <Policies/> </SiteConfiguration>

• Optistruct用ファイル　app-inp-Optistruct.xml
  このファイルでは、ジョブ投入画面の入力項目を定義します。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <TemplateApplicationInput xmlns=http://schemas.altair.com/pbs/2007/02/app-def xmlns:xi=http://www.w3.org/2001/XInclude xmlns:xsi=http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance xmlns:schemaLocation=http://schemas.altair.com/pbs/2007/02/app-def ../../schemas/app-def.xsd>     <ApplicationId>Optistruct</ApplicationId>   <ApplicationName>Optistruct</ApplicationName>   <ApplicationExtension>.fem</ApplicationExtension>     <ArgumentChoice>     <ArgumentStringEnumerated>       <Name>VERSION</Name>       <Description>Version of application to use</Description>       <DisplayName>Version</DisplayName>       <InputRequired>true</InputRequired>　** 必須項目にしたい場合、InputRequiredをtrueにします。**       <xi:include href="site-config.xml" xpointer="xpath1(//Application[@id='Optistruct']/ApplicationVersions//Option)"/>     </ArgumentStringEnumerated>   </ArgumentChoice>     <ArgumentChoice>     <ArgumentString>       <Name>JOB_NAME</Name>       <Description>Name of the job</Description>       <DisplayName>Job Name</DisplayName>       <InputRequired>false</InputRequired>     </ArgumentString>   </ArgumentChoice>     <ArgumentChoice>     <ArgumentInt>       <Name>NCPUS</Name>       <Description>Number of CPUS requested</Description>       <DisplayName>No. of CPUS</DisplayName>       <InputRequired>true</InputRequired>       <LowerBound>1</LowerBound>       <UpperBound>8</UpperBound>       <DefaultValue>1</DefaultValue>　** デフォルト値を定義しておくこともできます。**     </ArgumentInt>   </ArgumentChoice>     <ArgumentChoice>     <ArgumentInt>       <Name>MEMORY</Name>       <Description>Requested memory</Description>       <DisplayName>Memory</DisplayName>       <InputRequired>false</InputRequired>       <Option>1000</Option>       <Option>2000</Option>       <Option>4000</Option>       <Option>8000</Option>       <DefaultValue>8000</DefaultValue>     </ArgumentInt>   </ArgumentChoice>     <ArgumentChoice>     <ArgumentFileName>       <Name>MASTER_FILE</Name>       <Description>Input file</Description>       <DisplayName>Input File</DisplayName>       <InputRequired>true</InputRequired>     </ArgumentFileName>   </ArgumentChoice>     <ArgumentChoice>     <ArgumentFileNameMulti>       <Name>INCLUDE_FILES</Name>       <Description>Additional files to include.</Description>       <DisplayName>Include Files</DisplayName>       <InputRequired>false</InputRequired>     </ArgumentFileNameMulti>   </ArgumentChoice>     <ArgumentChoice>     <ArgumentString>       <Name>EXTRA_ARGUMENTS</Name>　　** Optistructコマンドへのオプションの付加 **       <Description>Pass command line arguments.</Description>       <DisplayName>Extra Arguments</DisplayName>       <InputRequired>false</InputRequired>     </ArgumentString>   </ArgumentChoice>     <ArgumentChoice>     <ArgumentDirectoryName>       <Name>SUBMISSION_DIRECTORY</Name>       <Description>Result files will be placed here</Description>       <DisplayName>Output directory</DisplayName>       <InputRequired>true</InputRequired>     </ArgumentDirectoryName>   </ArgumentChoice>   </TemplateApplicationInput>

• Optistruct用ファイル　app-conv-Optistruct.xml
  ジョブ投入画面で入力した値をもとに、実行モジュールとそのオプションの定義、PBSジョブ実行のために必要なリソースを構成します。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <TemplateApplicationConverter xmlns=http://schemas.altair.com/pbs/2007/02/app-conv xmlns:app-def=http://schemas.altair.com/pbs/2007/02/app-def xmlns:jsdl=http://schemas.ggf.org/jsdl/2005/11/jsdl xmlns:jsdl-hpcp=http://schemas.ggf.org/jsdl/2006/07/jsdl-hpcp xmlns:xsi=http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance xsi:schemaLocation=http://schemas.altair.com/pbs/2007/02/app-conv ../../schemas/app-conv.xsd>     <ApplicationId>Optistruct</ApplicationId>   <ApplicationName>Optistruct</ApplicationName>     <HPCProfileApplication>     <jsdl-hpcp:Executable>$PYTHONPATH</jsdl-hpcp:Executable>     <jsdl-hpcp:Argument>runtime/start.py</jsdl-hpcp:Argument>   </HPCProfileApplication>     <jsdl:Resources> ** PBSジョブとしてのリソース要求**     <TotalCPUCount>       <Exact>$NCPUS</Exact>     </TotalCPUCount>       <TotalPhysicalMemory>       <Exact>$MEMORY</Exact>     </TotalPhysicalMemory>   </jsdl:Resources>     <jsdl:DataStaging>     <jsdl:FileName>name($MASTER_FILE)</jsdl:FileName>     <jsdl:CreationFlag>overwrite</jsdl:CreationFlag>     <jsdl:Source>       <jsdl:URI>$MASTER_FILE</jsdl:URI>     </jsdl:Source>   </jsdl:DataStaging>     <jsdl:DataStaging>     <jsdl:FileName>name($INCLUDE_FILES)</jsdl:FileName>     <jsdl:CreationFlag>overwrite</jsdl:CreationFlag>     <jsdl:Source>       <jsdl:URI>$INCLUDE_FILES</jsdl:URI>     </jsdl:Source>   </jsdl:DataStaging>     <jsdl:DataStaging>     <jsdl:FileName>*</jsdl:FileName>     <jsdl:CreationFlag>overwrite</jsdl:CreationFlag>     <jsdl:Target>       <jsdl:URI>$SUBMISSION_DIRECTORY</jsdl:URI>     </jsdl:Target>   </jsdl:DataStaging>   </TemplateApplicationConverter>

• Optistruct用ファイル start.py
  ジョブ投入時に実行されるファイルです。

import os import sys import re   os.environ['ALTAIR_LICENSE_PATH']="6200@licserver"   master_file = os.path.basename(os.environ['PAS_MASTER_FILE']) python_path = os.environ['PAS_PYTHON_PATH'] optistruct_exe = os.environ['PAS_EXECUTABLE']   if 'PAS_EXTRA_ARGUMENTS' in os.environ:  optistruct_exe += os.environ['PAS_EXTRA_ARGUMENTS']   required_mem = os.environ['PAS_MEMORY'] required_core = os.environ['PAS_NCPUS']   pas_job_name = os.environ["PAS_JOB_NAME"] pas_application = os.environ["PAS_APPLICATION"] pbs_job_dir = os.environ["PBS_JOBDIR"]   logfile_basename = pas_application + "-" + pas_job_name　** 標準出力と標準エラーを出力するファイル名の定義 ** stdout_logfile = logfile_basename + "-stdout.log" stderr_logfile = logfile_basename + "-stderr.log"   cmd = optistruct_exe + ' ' + master_file + ' -ncpu ' + required_core + ' -len ' + required_mem cmd += ' > ' + stdout_logfile + ' 2> ' + stderr_logfile   #run application print (cmd) os.system (cmd)

 

以上、４つのファイルのご説明です。

詳細については、各バージョンのDiving Into Application Definition Guide をご参照ください。