SimSolidで固有値解析をするときは出力するモード数に気を付ける必要があります。

固有値解析時、モードシェイプに対してアダプティブ解析を行い誤差解析を行います。
出力モード数が増えれば、より多くのモードシェイプにアダプティブ解析を行うことができ、
低次のモード周波数の精度が向上し、より良いアダプティブが可能になります。
したがって、モード数が少ない場合は、1%未満の誤差が生じます。

以下のようなモデルを用意してみます。
材料は全てデフォルトのSteel、結合の解像度は標準、境界条件は端部完全固定のみ、ソリューション設定は応力アダプティブです。

解析結果として、モード周波数は以下のようになりました。
左から出力するモード数を3、6、9、12、15、18と変化させています。
モード数を12以上とすることで、各周波数が安定することが確認できました。

モードシェイプは変わりません。あくまで周波数に少し誤差が生じるだけです。
左から出力モード数が3、12、18の一次のモードシェイプとなります。

したがって、固有値解析を実行する際は、出力モード数を多く設定するようにしてください。